Berlin Antlaşması’nın imzalanmasını izleyen dönemde Ermeni sorunu iki yönde gelişmiştir. Bunlardan ilki, Batılı devletlerin Osmanlı İmparatorluğu üzerindeki baskı ve müdahaleleridir. Sorunun ikinci yönü ise, Anadolu, Suriye ve Rumeli’de yaşayan Ermenilerin Anadolu’nun çeşitli yerlerinde, özellikle Doğu Anadolu ve Kilikya’da yeraltında örgütlenmeleri ve silahlanmalarıdır.
İlk kışkırtmalar Rusya’dan gelmeye başlamış, Rusların bu tutumu İngiliz ve Fransızları Ermenilerle daha çok ilgilenmeye sevketmiştir. Doğu Anadolu’daki İngiliz Konsoloslukları’nın sayısı hızla artmış, ayrıca bölgeye çok sayıda Protestan misyonerler gönderilmiştir.
Bu kışkırtmalar sonucunda Doğu Anadolu’da 1880’den itibaren çeşitli Ermeni komiteleri kurulmaya başlamıştır. Ancak, yerel düzeyde kalan bu komitelerin varlıkları, Osmanlı yönetiminden şikayeti olmayan ve barış ve refah içinde yaşamlarını sürdüren Ermeni halkının büyük çoğunluğunun ilgisini çekmekte başarılı olamadığından kısa bir süre sonra sona ermiştir.
Osmanlı Ermenilerini içeride kurulan komiteler yoluyla devlete karşı harekete geçirmek mümkün olmayınca, bu kez Rus Ermenilerine Osmanlı toprakları dışında komiteler kurdurtulması yoluna gidilmiştir. Böylece 1887’de Cenevre’de sosyalist eğilimli, ılımlı militan Hınçak, 1890 ‘da ise Tiflis’te aşırı terör, isyan, mücadele ve bağımsızlık yanlısı Taşnak Komiteleri ortaya çıkmıştır. Bu komitelere Anadolu topraklarının ve Osmanlı Ermenilerinin “kurtarılması” hedef ve amaç olarak gösterilmiştir.
İstanbul’da örgütlenen ve Avrupa devletlerinin dikkatlerini Ermeni meselesine çekerek Osmanlı Ermenilerini kışkırtmayı hedefleyen Hınçaklar’ın başlattığı ayaklanma girişimlerini, aralarında siyasi mücadele başlayan Taşnaklar’ınki izlemiştir. Bu ayaklanma girişimlerinin ortak özelliklerini, Osmanlı ülkesine dışarıdan gelen komitelerce planlanmış ve yönlendirilmiş olmaları ve örgütlenme faaliyetlerinde Anadolu’ya yayılan misyonerlerin büyük katkısından yararlanmaları teşkil etmiştir.
İlk isyan 1890’daki Erzurum İsyanı’dır. Bunu yine aynı yıl meydana gelen Kumkapı Gösterisi, 1892-93’te Kayseri, Yozgat, Çorum ve Merzifon Olayları, 1894’te Samsun İsyanı, 1894’te Babıali Gösterisi ve Zeytun İsyanı, 1896’da Van İsyanı ve Osmanlı Bankası’nın İşgali, 1903’te ikinci Samsun İsyanı, 1905’te Padişah Abdülhamid’e suikast girişimi, 1909’da Adana İsyanı izlemiştir. İsyanların Osmanlı kuvvetlerince bastırılması, dünya kamuoyuna “Müslümanlar Hristiyanları katlediyor” mesajıyla yansıtılmış ve Ermeni sorunu giderek daha geniş çapta bir uluslararası sorun niteliğine büründürülmüştür.
Nitekim, döneme ait İngiliz ve Rus diplomatik temsilciliklerinin raporları, Ermeni ihtilalcilerin hedefinin karışıklıklar çıkararak Osmanlılar’ın karşılık vermesini ve böylece yabancı ülkelerin duruma müdahalesini sağlamak olduğunu kaydetmektedir ve büyük devletlerin diplomatik ve konsolosluk temsilcilikleri Anadolu’nun her köşesine dağılmış Hristiyan misyonerler ile birlikte Ermeni propagandasının Batı kamuoyuna iletilmesinde ve benimsetilmesinde büyük rol oynamışlardır.