Vers la fin du VIIième siècle, l'Anatolie sort de l'hégémonie Byzantine et puis est occupée d'abord par les Omeyyades et ensuite par les Abbassides jusqu'à la fin du Xième siècle. A la fin du Xe siècle la Byzantine a eu la souveraineté sur toute l'Anatolie.
L'empereur Byzantin Vasil II était en activité en Caucase pendant ses derniers jours. Après la mort de Gagik I (990-1020), qui appartenait à la dynastie Arménienne de Bagratuni, des désordres ont été éclatés dans cette région. Ce cas donna à l'empereur Byzantin une belle occasion pour intervenir. La région de Van est, comme une partie de Géorgie, entrée dans l'empire Byzantin, la dynastie Arménienne d'Ani était en mains de Ionnas Smbat, fils et successeur de Gagik, et après la mort de ce dernier cette dynastie a été rattachée à l'empire Byzantin.
Non seulement l'empire Byzantin ne s'est pas contenté d'annexer les régions où vivaient les Arméniens, mais aussi, comme disait Mateos d'Urfa: "Ils ont sorti et emmené les commandants Arméniens de leurs propres maisons ". Les conditions étaient favorables pour l'entrée des Seldjoukides dans l'Anatolie. Les forces des Chrétiens dans la région sont devenues faibles et l'armée Byzantine a perdu sa vigueur en raison des disputes politiques dans le pays et des révoltes.
En 1047-1048, le héritier présomptif du trône Hassan commença à faire un raid dans la région de Van. Ýbrahim Yýnal, nommé pour la charge de gouverneur général d'Azerbaïdjan, a marché, sur les ordres de Tugrul Bey, avec Kutalmých et a infligé, en septembre 1048 dans la plaine de Pasin une défaite à l'armée Byzantine dirigée par Liparit, Aaron et Catacalon. Romanos VI. Diogenes, qui a remplacé l'empereur Byzantin Constantin Ducas décédé (mai 1067) et pris le pouvoir en épousant sa femme, a entrepris la guerre contre les Seldjoukides, et, à cause de la faiblesse de son armée, il a pu former une armée payée composée des étrangers (Pétchéneks , Ogouz, Normands , Francs, Arméniens, Slaves, Bulgares, Allemands, Caspiens, Géorgiens).
Cette armée qui a été mobilisée par l'empire Byzantin, contenait, d'après les sources du monde islamique et chrétien, un nombre entre 200 000 et 600 000 personnes. L'empereur Byzantin avant de prendre la route de Malazgirt, a entendu parler du mal qu'avaient fait les Arméniens plus que les Turcs, et, cru à ces informations et juré de supprimer la secte Arménienne quand il serait revenu de guerre.
Près de Malazgirt et du lac Van, l'empereur Byzantin attaqua, en 26 août 1071 avec son armée hétérogène et indisciplinée mais supérieure par nombre, l'armée du Sultan Alparslan, mais fut battu par l'armée de ce dernier au point d'anéantissement. L'empereur Byzantin lui-même fut le prisonnier de guerre. Alparslan signa la paix avec l'empereur Diogenes et l'envoya à Istanbul avec une grande cérémonie pour revenir au trône.
Mateos d'Urfa, en écoutant ceux qui vivaient ces époques et en écrivant, retraça le sujet du comportement des Byzantins envers les Arméniens qui vivaient sous leur joug: "...Eux (les Romains) ont été exposés aux différentes tortures le catholicos (Hatchique) en raison de sa secte. D'après ce que nous avons entendu, ils le tourmentaient avec du feu, mai lui, il sortait sain et sauf dans ces flammes".
"Deux ans après (993-994), le duc de la grande Rome marcha avec une grande armée sur les Arméniens et les passa au fil de l'épée et les rendit esclaves en attaquant les Chrétiens. Il emmena partout la mort comme un vipère et ainsi, remplaça-t-il les nations sans Dieu".
Comment les Turcs ont-ils agi contre les Arméniens qui faisaient la guerre contre les Turcs avec les Byzantins? Comment les Byzantins, est-ce qu'ils les ont méprisés, torturés? Est-ce qu'ils ont brûlé leurs églises et monastères? Mateos d'Urfa a relaté la tolérance montrée pour les minorités non musulmanes vivant sous la souveraineté des Seldjoukides, notamment les Arméniens:
"En 539 (27 février 1090-26 février 1091), l'évêque Arménien Barseg est allé voir le grand conquérant, Sultan Melikshah. L'évêque a décidé d'aller voir son sultan magnanime et gentil qui était le chef des Iraniens et de tous les Chrétiens pour lui présenter que les chrétiens étaient opprimés dans certaines régions, qu'on demandait des impôts aux cléricaux par les églises, que les évêques étaient opprimés dans les couvents en raison de l'impôt. Le Sultan a mis en sa présence Monseigneur Barseg, l'a bien accueilli et réalisé tous ses désirs. Le Sultan a exonéré tous les couvents et toutes les églises, ainsi que les cléricaux et a donné à l'évêque Arménien les firmans et l'a salué à son départ"
Comme on comprend clairement des affirmations ci-dessus, les Turcs seldjoukides étaient plus tolérants que les Byzantins envers les Arméniens et les autres sujets et ils leur ont permis de conserver leur religion et leur vie sociale. Cette mentalité a duré également à l'époque des Seldjoukides d'Anatolie. Malgré ces tolérances, on sait que certains Arméniens ont pris place à côté des Byzantins et des croisades lors des guerres de croisade.
REFERENCE: Yildirim, Dr. Hüsamettin, Prétentions des Arméniens et Réalités, Ankara, 2000.